V České republice se kontroly podmíněnosti (Cross Compliance) provádí od 1. 1. 2009. Od té doby je vyplácení přímých podpor a dalších vybraných dotací "podmíněno" plněním standardů udržování půdy v Dobrém zemědělském a environmentálním stavu, dodržováním povinných požadavků v oblasti životního prostředí, veřejného zdraví, zdraví zvířat a zdraví rostlin, dobrých životních podmínek zvířat a minimálních požadavků v rámci agroenvironmentálních opatření.
Jde o nástroj Společné zemědělské politiky EU k eliminaci negativních dopadů zemědělství na krajinu a životní prostředí. Systém Kontroly podmíněnosti byl v roce 2003 iniciován reformou Společné zemědělské politiky a je jedním ze zásadních argumentů pro veřejnou obhajobu zemědělských dotací.
V případě, že žadatel nedodržuje legislativou dané povinné požadavky, může mu být snížena nebo, v nejkrajnějším případě, neposkytnuta výplata vybraných využívaných dotací. Plnění standardů a požadavků je ověřováno kontrolou plnění tzv. kontrolovaných požadavků. Jejich formu a metodu kontroly si každá země EU stanovuje sama, dle národních specifik.
Detailnější informace o podmínkách poskytování plateb najdete na webových stránkách SZIF.
Od 1.1.2022 vstoupila v účinnost novela zákona o hnojivech, která zavádí pro zemědělské podnikatele hospodařící na výměře větší než 20 ha několik nových povinností. Jedná se zejména o povinnost vést elektronicky evidenci o hnojivech, včetně evidence pastvy, pomocných půdních látkách, rostlinných biostimulantech a substrátech použitých na zemědělské půdě a lesních pozemcích a evidenci o upravených kalech a sedimentech použitých na zemědělské půdě (dále jen „evidence hnojení“).
Ve Sbírce zákonů byl publikován zákon č. 299/2021 Sb., kterým se mění zákon č. 156/1998 Sb., o hnojivech, pomocných půdních látkách, pomocných rostlinných přípravcích a substrátech a o agrochemickém zkoušení zemědělských půd (zákon o hnojivech). Zákon nabývá účinnosti 1. října 2021, část dnem 1. ledna 2022 a část dnem 16. července 2022.
Z důvodu kontroly plnění zákonných povinností českých zemědělců byl zaveden kontrolní systém, jenž od roku 2014 prošel několika revizemi, které vyústily v systém pravidelných šetření, které monitorují úroveň plnění jednotlivých zásad IOR.
Ve Sbírce zákonů č. 567/2020 Sb., částce 233 ze dne 23. 12. 2020, bylo zveřejněno nařízení vlády, kterým se mění nařízení vlády č. 48/2017 Sb., o stanovení požadavků podle aktů a standardů dobrého zemědělského a environmentálního stavu pro oblasti pravidel podmíněnosti a důsledků jejich porušení pro poskytování některých zemědělských podpor, ve znění pozdějších předpisů. Toto nařízení vlády nabývá účinnosti 1. 1. 2021.