Vzhledem k širokému spektru zemědělsky využívaných genetických zdrojů a z toho plynoucích specifických postupů se Akční plán rozděluje stejně jako strategický dokument Národního programu na tři části podle jednotlivých podprogramů.
Aktivity a specifické činnosti Akčního plánu pokrývají všechny aspekty práce s genetickými zdroji. V rámci jednotlivých podprogramů je jejich zaměření i míra významnosti rozdílná. Velká pozornost je věnována racionalizaci zařazování nových genetických zdrojů do sbírek a kolekcí, vyšší efektivitě práce s genetickými zdroji včetně vyvíjení a optimalizace nových metodických postupů. Ve všech podprogramech je také plánováno doplňování dat a jejich analýza a rozvoj informačních systémů a databází.
Samostatnou problematikou, která je společná všem podprogramům, je prohloubení charakterizace genetických zdrojů pomocí efektivních vědeckých postupů, která je klíčová pro udržitelný rozvoj ex situ konzervace a další využívání genetických zdrojů.